Le FC Lorient est fondé le 2 avril 1926. Cette formation prend la suite du club corpo « La Marée Sportive », fondé un an plus tôt. À la base de ce club, on trouve Joseph Cuissard et sa mère « Madame Cuissard ». L'ascension du club lorientais est exemplaire. Trois promotions en trois saisons propulsent le club, dès 1929, en Division d'Honneur de Bretagne, le plus haut niveau pouvant être atteint à l'époque. Troisième à ce niveau dès la saison 1929-30, Lorient, qui s'appuie désormais sur un entraîneur, le Tchèque Jozef Lokay, décroche le titre régional en 1932. Les Merlus, renouvellent cette performance en 1936, après avoir raté d'un rien le titre en 1935. Malheureusement, la Seconde Guerre mondiale éclate et stoppe l'ascension fulgurante d'une équipe dont le capital de sympathie ne cesse de croître. Peu propice à l'organisation des compétitions, la mobilisation et le bombardement systématique de la ville par les forces alliées à partir de 1943 disséminent les membres d'une équipe épisodiquement recomposée à 50 km de Lorient, dans les terres.
Christian Gourcuff revient pour sauver un club de Division 3 en perdition. C’est Georges Guénoum, redevenu Président du FCL après le second sauvetage des Tango et Noir, qui le rappelle. Le dirigeant et l’entraîneur ont déjà fait leurs preuves au début des années quatre-vingt. L’objectif du duo : reconstruire sur de bonnes bases. Le retour de Christian Gourcuff et l’arrivée de jeunes joueurs ont un effet pratiquement immédiat. À la fin de la saison 1992, Lorient remonte en Division 2. Le bonheur des supporters est rapidement balayé. La saison 1992-1993 est catastrophique. Le FCL ne parvient à remporter que deux victoires cette année-là. Donc, Lorient redescend en Division 3, qui s’appelle désormais le championnat National. Après deux saisons dans la troisième division française, les petits gars du Morbihan sont sacrés champions de National et remontent. Les Merlus ne sont qu’à quatre journées de la fin du championnat de Division 2, mais la victoire qu’ils viennent de décrocher contre Wasquehal, 1 à 0, sur un but d’Ali Bouafia, le vétéran de l’équipe, les propulse en Première Division.
Le samedi 11 mai 2002, au Stade de France, Lorient affronte Bastia en finale de la Coupe de France. C’est la première fois que les Merlus accèdent à un tel niveau de compétition. L’avant-centre et capitaine Jean-Claude Darcheville ouvre le score à la 41e minute. Le but de la victoire ! Les Merlus sont en coupe UEFA. Malheureusement pour les Bretons, les Turcs de Denislizpor vont mener le jeu. 2 à 0 à la fin du match aller. Le match retour au Moustoir, le 3 octobre, Lorient gagne 3-1 mais le but à l’extérieur comptant double en cas d’égalité, ce sont donc les Turcs qui poursuivent l’épopée. Dans cette courte période de l’histoire du club, les Merlus vivent une sorte de transition. Après la seconde montée en Division 1, puis la redescente en D2, le FCL cherche à reposer le pied dans le pré carré de l’élite. En Normandie, Caen écrase les Parisiens, mais ne fait pas la différence au goal average : Lorient est en Ligue 1 ! Le 10 août, un nouveau président arrive à la tête du club. Loïc Féry succède à Alain Le Roch et devient, à 35 ans, le plus jeune président d’un club de Ligue 1. Au terme d’un exercice compliqué de A à Z, les Merlus quittent la Ligue 1 après onze saisons à ce niveau de la compétition. Suite à la relégation du club en Ligue 2, Mickaël Landreau, l’ancien portier international français est nommé entraîneur des Merlus. Au terme de cette seconde saison et une sixième place au classement, Mickaël Landreau quitte le FC Lorient et n’entraînera donc plus le club pour la saison 2019-2020. Suite au départ de Mickaël Landreau, c’est Christophe Pélissier, qui reprend les rênes du FC Lorient. Au terme d’une saison qui restera forcément dans l’histoire du football suite à la pandémie de coronavirus qui a frappé le monde entier, le FC Lorient a été sacré champion de France de L2 avec 54 points et monte en L1.
